En Agosto de 1927 la Directiva de Peñalara decidió crear una "marcha de patrullas por la Sierra de Guadarrama" que pasaba por todos los chalets sociales. En aquellos años eran cuatro los refugios que se unían. Se partía del chalet de la Fuenfría, se pasaba por el de Navacerrada, el del Ventisquero de la Condesa hoy desaparecido y se finalizaba en el Refugio Giner. Textualmente dijeron "el espíritu de esta marcha ha de ser el conocimiento de la Sierra, excluyendo toda idea de competición peligrosa para la salud". El 21 de Octubre de1928 se celebra la primera prueba, que tenia un tiempo máximo y un mínimo para su recorrido, pero todas las patrullas participantes pasaron los limites mínimos, (corrieron demasiado) por lo que no hubo un ganador oficial, no obstante, los mas aproximados a los tiempos mínimos recibieron un trofeo, entre ellos Ricardo Rubio y Roberto Cuñat. El 6 de Octubre de 1929 se celebra la segunda edición, con el nombre de Trofeo Antonio Pascual, en recuerdo de un Peñalaro fallecido poco antes, y con las mismas características: patrullas y tiempos máximos y mínimos. En 1930, en la tercera edición, pasa a denominarse  "Copa Refugios", que se celebró el 19 de Octubre, con 27 corredores inscritos, ganando la patrulla Francisco Matarranz, Teodoro Martin y Enrique Millán. Desde entonces, y hasta la Guerra, continuo disputándose bajo este nombre (Copa Refugios) y con el mismo recorrido.

        60 años después, la sección de montaña con Nacho Aizpurúa a la cabeza, decidió retomar aquella marcha y crear una carrera al estilo de su hermana dos años mayor, el “Cross de Cuerda Larga”. Hoy puede parecer confuso llamar cross a una carrera de montaña, pero en su día, cuando sencillamente esta modalidad no exisita, era el termino más ajustado a correr por la montaña. El 9 de junio de 1991 se dió la salida a la primera edición; costaba 1800 pesetas incluyendo comida en el albergue, era necesario estar federado en algún deporte y participaron 19 marchadores y 39 corredores, tres de ellos, mujeres. El ganador fue Alfredo López Majada, con un tiempo de 2H 31'. Catherine Bayle ganó en la categoría femenina con 3H 02' y nada menos que en el séptimo puesto de la general. La carrera contaba con una sorprendente cantidad de patrocinadores (que ya quisieramos hoy en día) relacionados casi todos con el mundo del montañismo y ninguno con el atletismo. Es un detalle importante ya que durante muchos años buena parte de los corredores procedían de ese mundo más que el del puro correr; se trataba de montañeros y esquiadores intentando mantenerse en forma fuera de temporada.

        Al año siguiente se creó la Copa madrileña de carreras de montaña que integraba al ya mencionado Cross de Cuerda Larga, el Cross de Escalada de la  Pedriza y el Superduatlon de montaña que se estrenaba ese año. En el 95 Nacho pasa el testigo a Carlos Soler que con el tiempo (salvo el Cross de la Pedriza) se haría cargo de todas las carreras del club, incluida la ya desaparecida Conometrada a Cabezas. Una tarea compleja y absorvente que ilustra muy bien una anécdota de una de las personas mas comprometida con la carrera en aquellos años, y director de la sección de montaña por entonces: Emilio Lapeña. Organizar una carrera requiere de tanto trabajo que se le secaron las plantas de casa por no encontrar un solo minuto que dedicar a regarlas en la semana previa a la competición.

         En 1999 tras el derrumbe del techo del chalet de la Fuenfria el recorrido sufre un primer cambio y ya no termina en las Dehesas de Cercedilla sino que hace un bucle alrededor de 7 Picos para terminar en el albergue de Navacerrada. La carrera iba creciendo y a falta de muchos más ejemplos donde fijarse las personas involucradas fueron aprendiendo sobre la marcha y mejorando con cada edición. Además, gracias a los contactos de Carlos la carrera se internacionaliza con la visita cada año de un nutrido grupo de corredores portugueses habituales en los puestos de cabeza. (Sólo  en 2014 volvería a ganar un corredor extranjero, en este caso, un holandés). Con el cambio de siglo y la llegada de internet, primero con foros y blogs y más tarde con las redes sociales el mundo de las carreras sufre un boom que dispara el número de participantes y hace conveniente que cada carrera tenga su propio equipo de direccion.

         El 2007, tras la impagable labor de Carlos Soler, Felipe Rodriguez Nuero, buen conocedor de las carreras de montaña desde ambos lados (corredor y organizador) y ya curtido desde hacía algunos años en la organización del Cross de la Pedriza, se pone al frente de la organización durante tres años dinamizando la seccion de carreras del club. Gracias a sus esfuerzos ese año Tres Refugios es elegido como Copa de España de carreras de montaña. El club se vuelca con la organización y al año siguiente Peñalara repite Copa con Cuerda Larga. En esta edición además, se inaugura el sistema de conometraje por chip que facilita enormemente el control de los participantes.
    

       En 2010 se hace cargo de la carrera el leonés Alberto Carpintero. Debido al lastre económico que suponen los autobuses y a fin de facilitar la logística a corredores y organización se cambia el recorrido de la carrera situando salida y meta en el mismo punto, el albergue de Peñalara del puerto de Navacerrada.

     En 2012 se produce un nuevo cambio de director. Se suprime el Collado Cabrón para no alargar en exceso la prueba, se invierte en infraestructura, vital sobre todo para la organización del Gran Trail y se renueva la imagen de la carrera. En  2013 unas nevadas inusuales obligan a cambiar el recorrido con salida y llegada en el aparcamiento de Machacaderas de la Pedriza. Es la única ocasión en que la prueba no ha pasado por ninguno de los refugios de su nombre. Para celebrar el 25 aniversario la carrera es elegida campeonato de Madrid. Antonio Alcalde gana la carrera y una increíble Paula Cabrerizo en mujeres repite el séptimo puesto de la general que ya consiguiera Catherine Bayle veinticinco años antes (¡aunque en esta ocasión la ganadora tiene nada menos que 395 corredores a sus espaldas!). Sólo tres participantes de los 39 que tomaron la salida en 1991 consiguen repetir en 2015. El Cross 3 Refugios no ha logrado tener ningún corredor con todas las ediciones en su curriculum, pero no puede dejar de mencionarse a Antonio Lopez Llorca, el único voluntario que ha permanecido durante todas y cada unas de esas ediciones al pie del cañón, 25 años cuidando el tráfico del paso de cebra en el Puerto de Navacerrada.

Santiago Díez